La chimiogénomique est une méthode puissante pour l’étude de la réponse cellulaire à une perturbation chimique. Les criblages génétiques CRISPR/Cas9 knockout à l’échelle du génome peuvent systématiquement identifier tous les gènes qui provoquent une suppression (résistance) ou augmentation de la sensibilité à l’effet d’inhibition de croissance causée par un composé. Cette information peut aider à établir le mécanisme d’action du composé et à associer de nouvelles fonctions aux gènes répondant à la fonction biologique ciblée.

Après avoir déterminé la dose l’inhibition de croissance de votre composé dans notre lignée cellulaire humaine pré-B lymphocytaire standard à la plateforme de Criblage à haut débit de l’IRIC, nous ferons la croissance cellulaire de notre bibliothèque combinée comprenant le knockout de tous les gènes en présence de votre composé. Après expansion, nous ferons l’amplification des séquences d’ARN guides (ARNg) par PCR et leur séquençage à la plateforme de Génomique de l’IRIC. Nous convertirons les changements de fréquences d’ARNg obtenus en utilisant des outils de bioinformatiques que nous avons développés en scores robustes d’enrichissement ou de déplétion pour tous les gènes. Cette approche nous a déjà permis de caractériser des centaines de drogues ou autres composés bioactifs qui serviront d’étalons comparatifs pour l’interprétation de vos cribles. Notre plateforme de criblage CRISPR a identifié les cibles de plusieurs composés non-caractérisés, révélé des activités secondaires pour des composés connus et assigné de nouvelles fonctions à des gènes auparavant méconnus.